塩谷寺略縁起によると、文徳天皇（在位850-858）には二人の后妃がおり、それぞれに王子が授かったという。天皇は世継ぎの問題で悩んでおられたが、第一の皇后はこの心労により病床に伏してしまう。天皇は天照大神の神託により、遥か東国の薬師の霊場へ慈覚大師を遣いに出す。大師はこの地より長生不老の塩泉を汲み、天皇に献上したところ、皇后の病は立処に癒えた。又この塩泉を四人の王子の頭頂に濯いだところ、突然四人目の王子より光明を発したという。この王子が清和天皇である。天皇はふたたび大師に命じこの地に薬師如来を本尊として塩谷寺を建立した。
　元禄14年（1701）客殿に農耕馬の供養として馬頭観音が祀られたが、農業の隆盛とともに栄え、客殿を本堂として現在に至る。